Все настройки сервера производятся с помощью графического интерфейса пользователя. В окно настроек можно попасть, нажав кнопку 
на панели инструментов или комбинацию клавиш Alt+O.
Настройки разделены на категории:
| • | Сеть — сетевые настройки GERMES Server; |
| • | Общие — общие настройки; |
| • | Сжатие — информация о том, какие файлы следует упаковывать перед передачей клиентам, а какие нет; |
| • | Отчеты — настройки HTML отчета о работе клиентов GERMES Server; |
| • | Разное — папка для пользовательских каталогов и настройки контроля свободного места на дисках. |